本科和硕士论文都是 LaTeX 写的，先答一下你的两个问题：
- 是否影响导师批阅完全取决于导师能否习惯批阅 PDF/LaTeX，比如我导已经写惯了 LaTeX 就完全没有障碍。批阅 PDF 的体验感觉还是略逊于 word 的批注工具，如果老师熟悉 LaTeX 也愿意掏钱给开 overleaf 会员，那体验会好不少。
- 据我所知毕业不会要求提交 word 文件（仅限理工科，文、法、商等未知），但评选优秀毕业论文会。所以不参加评选的话，用 LaTeX 肯定没问题。我们组这么些年来全是 LaTeX，没听说过被刁难格式问题的。
另附一点个人建议：如果不是长期使用 LaTeX 的老用户，建议优先选 overleaf 而不是本地。虽说需要开会员才有足够的编译时长可用，但开几个月会员也不算很贵。写前一定要和导师沟通好，否则一点工具争端导致整个批改过程都闹矛盾是很亏的。
如果你想本地写，建议是用 texlive 套装，至少对 win/Linux 来说都非常好。新手直接用 tex studio 可能更容易，不过 XJTU-thesis 项目已经有了很不错的 latexmk 和 vs code 适配，想用 vs code 写也没问题。由于 tex 编译器是个祖传单线程软件，在单核越强的机器上编译越快，overleaf 编译起来多半比本地慢（win 上好像还比 Linux 慢），所以对自己来说本地体验还更好点。